A Magyar Szekuláris Egyesület célja a tudományos és tényeken alapuló kritikus gondolkodásra való egyéni és közösségi igény erősítése, és ezáltal a társadalomban jelenlevő dogmatikus és ideológiai alapú diszkrimináció és igazságtalanság csökkentése, a társadalmi felelősségtudat és igazságosság elősegítése, az egyház és állam szétválasztása és a szekuláris értékek népszerűsítése.
Továbbá:
- a racionális és kritikus gondolkodás széleskörű terjesztése,
- a külföldi szekuláris mozgalmak mintájára a szekuláris gondolkodás kultúrájának meghonosítása és támogatása/erősítése Magyarországon,
- a szekulárisok szervezeti összefogása, a hazai szekuláris csoportok fejlesztése és támogatása, számukra a társas együttlét lehetőségének megteremtése,
- a hazai közvélemény megismertetése a nemzetközi szekuláris szervezetekkel és folyamatos tájékoztatása azok tevékenységeiről és eredményeiről,
- a szekuláris értékek alapján társadalmi és globális felelősségtudatra nevelés,
- felvilágosítás a dogmatikus és ideológiai alapú diszkrimináció és előítélet által okozott károkról, társadalmi párbeszéd megindítása ezek enyhítése érdekében,
- a társadalmi igazságosság, emberi jogok, vallás- és véleményszabadság korlátozások nélküli érvényesülése,
- közéleti fórum létrehozása természet- és társadalomtudományos, etikai és filozófiai kérdések megvitatásához,
- közreműködés a jogállamiság és a civil társadalom formálásában, a mindennapok kultúrájának formálásában, a közhasznú igények kielégítésében.
